畜産課は、主に乳牛・和牛・馬の登録事業を中心に家畜の資質向上と管理技術の指導を行っています。また、畜産農家の経営安定に努めると共に優良種畜の貸付と補助事業による優良種畜の受精卵の輸入等の事業主体となり、管内の家畜改良に努めています。